Di kampus Tembalang mempunyai fasilitas:
- Ruang kerja Pimpinan Fakultas (Dekanat, Gedung A) dengan kelengkapannya.
- Ruang kerja Pimpinan dan Dosen Jurusan Ilmu Kelautan (Gedung B dan E) dengan kelengkapannya.
- Ruang kerja Tata Usaha Fakultas (Gedung A) dengan kelengkapannya.
- Ruang kerja Pimpinan dan Dosen Jurusan Perikanan(Gedung C dan D) dengan kelengkapannya.
- Ruang kuliah Jurusan Perikanan dan Jurusan Ilmu Kelautan (Gedung B, C, D, E, G dan H).
- Perpustakaan (Gedung J).
- Laboratorium (Gedung C, D, E, G, H, J).
- Ruang seminar/rapat.
- Ruang Badan Eksekutif Mahasiswa dan Ruang Himpunan Mahasiswa Jurusan.
- Mushola.
- Auditorium (Gedung I).
Kampus Laboratorium Pengembangan Wilayah Pesisir (LPWP) Kartini Jepara
Terletak di Jl. Ade Irma Suryani (Pantai Kartini) Jepara Telp.0291 – 591844. Di Kampus LPWP terdapat:
- Ruang Kerja Pengelola Kampus.
- Ruang Kerja Dosen, Teknisi dan Administrasi.
- Laboratorium Jurusan Perikanan dan Perpustakaan.
- Ruang seminar.
- Mini hatchery.
- Asrama mahasiswa.
- Rumah dinas.
- Dermaga kapal.
Kampus Teluk Awur Jepara (Marine Science Techno Park)
Terletak di Jl. Undip, Desa Teluk Awur Jepara, Telp.0291-591194. Di kampus Teluk Awur terdapat:
- Ruang kerja Pengelola Kampus.
- Ruang kerja Dosen, Teknisi, Laboratorium dan Administrasi,
- Ruang kuliah.
- Ruang seminar.
- Hall pertemuan.
- Laboratorium.
- Hatchery.
- Pond experiment.
- Asrama mahasiswa.
- Perpustakaan.
- Workshop Kapal latih.
- Dermaga kapal latih.
- Lapangan olahraga.
- Rumah dinas.
- Guest house.